En el año de 1968, las clases comenzaron a inicios de noviembre. La construcción seguía adelante y se había terminado la cuarta ala del seminario. Para ese tiempo, el primer grupo ya iba en primero de Prepa. El día 21 de diciembre de ese año, se llevó a cabo la inauguración y bendición del seminario por manos del obispo de Querétaro, don Alfonso Toriz y Cobián.
La tarde de ese día, llegó el obispo al seminario entre aplausos y ante la presencia de mucha gente invitada. El padre José Scremin lo recibió a nombre de los padres y la comunidad xaveriana. A la entrada de la casa se hizo la bendición inicial y se develó la placa de los bienhechores. De ahí, pasamos por los pasillos mientras el obispo iba bendiciendo los salones. Bajó a la cancha para acercarse al terreno donde fue bendecida la primera piedra para la construcción de la capilla. Una vez hecha la bendición, nos dirigimos a la capilla provisional que estaba en el lado opuesto del corredor de la parte nueva. Ahí el obispo dirigió unas palabras resaltando la obra misionera y nos animó a seguir adelante en nuestro periodo formativo. Él estaba muy contento y agradecido porque en su diócesis se había establecido un seminario para las misiones extranjeras. Después nos dio su bendición y de ahí pasamos al comedor para celebrar el acontecimiento.
Dos días después, el domingo 23, con motivo de la inauguración, que casi coincidió con la inauguración del boulevard Hidalgo, recién terminado, se hizo una carrera de motos en el boulevard, así como una charreada en el lienzo charro. Otra novedad fue la apertura del nacimiento misionero, que presentaba algunas escenas bíblicas de la navidad y de algunas de las misiones xaverianas, algo antes nunca visto, que llamó mucho la atención y atrajo la participación de la gente de San Juan.
En ese tiempo, siendo la ciudad aún muy pequeña, y estando el seminario en las afueras de la ciudad, no había todavía mucha relación con la población. Fue hasta después que se terminó la capilla y se abrió al público, que la relación fue aumentando
