¿De qué le sirve al hombre ganar el mundo entero, si al final pierde su alma?
En 1524, deja su tierra natal para hacer realidad sus sueños de grandeza y poder, por lo que va a la universidad de la Sorbona de París. En septiembre de 1528 conoció a Ignacio de Loyola, que mediante la frase del Evangelio que le repetía continuamente, “¿de qué le sirve al hombre ganar el mundo entero, si al final pierde su alma?, lo logra ganar para Cristo. Fue allí donde con otros cinco compañeros dan inicio lo que más tarde sería la Compañía de Jesús. En 1534, una vez finalizados los estudios, en la iglesia de Montmartre, hacen los votos de caridad, castidad y viajar a Tierra Santa, a excepción de Francisco que se queda en París otros dos años más estudiando Teología.
Es ordenado sacerdote el 24 de junio de1537 en Venecia. Durante su estancia en esta ciudad, mientras esperaba el barco para ir a Tierra Santa, se dedica junto a sus compañeros a predicar por los alrededores. Ante la tardanza del viaje, vuelven a Roma y muestran su disponibilidad al Papa para ser enviados a cualquier lugar. Después de un tiempo el rey de Portugal Juan III pide misioneros para su territorio. De un día para otro, Ignacio pide a Francisco ir de misión a las Indias Orientales, pues el padre que había sido elegido por Ignacio para esta misión, enfermó de último momento. El Papa nombra a Francisco nuncio apostólico en las tierras del Mar Rojo, del Golfo Pérsico y de Oceanía, a uno y otro lado del Ganges.
El 7 de abril de 1541, día que cumplía 35 años, sale la expedición y llega en septiembre a Mozambique. Allí se queda hasta febrero del año siguiente. Durante su estancia ayuda en el hospital y percibe el trato que se daba a los esclavos, lo cual le lleva a tener los primeros enfrentamientos con los colonizadores. Después de varias escalas, llega a Goa el 6 de mayo de 1542. Prepara un catecismo y comienza a predicar en la ciudad, a la vez que asiste a los moribundos, visita a los presos y socorre a los pobres. En octubre se embarca, para las islas de la Pesquería, donde permaneció más de un año.
En 1543 se encuentra con sus compañeros Micer Paulo y Mansilla en Goa y se entrevista con el obispo de la ciudad, Juan de Alburquerque, para pedirle misioneros. El obispo destina a 6 sacerdotes para esa labor. Con los nuevos colaboradores se vuelve de nuevo a la Pesquería. En el viaje escribe varias cartas a sus compañeros de Roma, en una de ellas decía:
“Muchos no se hacen cristianos, en estas partes, por no haber personas que se ocupen en la evangelización. Muchas veces me mueven pensamientos de ir a esas universidades dando voces como hombre que ha perdido el juicio, y principalmente a la universidad de París, diciendo en la Sorbona a los que tienen más letras que voluntad, para disponerse a fructificar con ellas; ¡cuántas almas dejan de ir a la gloria y van al infierno por negligencia de ellos! Es tanta la multitud de los que se convierten a la fe de Cristo en estas partes, en esta tierra donde ando, que muchas veces me parece tener cansados los brazos de bautizar, y no poder hablar de tantas veces de decir Credo y mandamientos en su lengua de ellos y las otras oraciones”.
Después de realizar labores de reordenación y supervisión de las misiones establecidas en India y Molucas, donde se siente decepcionado por el deterioro sufrido, tal y como demuestra en sus cartas, parte para Japón. Desembarca en Kagoshima, entonces capital del reino Sur del Japón. En colaboración de su compañero Pablo de Santa Fe evangelizó por tierras niponas e hizo traducir la obra Declaración de los artículos de la Fe, que se aprendió de memoria y solía recitar en las esquinas. Para responder a las preguntas que los transeúntes realizaban, se valía de un intérprete. Ante el fracaso de la misión, pensó pedir una audiencia con el rey de la zona con la esperanza de que si este se convertía al catolicismo, el pueblo también lo haría. En 1550 se dirige al norte con esta intención. Funda una pequeña comunidad cristiana en Hirado. Llega a Yamaguchi, luego a Sakai y, finalmente a Meaco, donde intenta, sin conseguirlo, ser recibido por el rey.
Se traslada de nuevo a Yamaguchi, y obtiene del príncipe la garantía de que los que se conviertan al cristianismo serán respetados. Ante esa perspectiva realiza, junto con sus dos compañeros, una intensa labor de predicación que da su fruto en la creación de una pequeña comunidad católica. Muchos de los convertidos son samuráis. La oposición del clero local, los bonzos, fue siempre fuerte.
En septiembre de 1551 le llama el príncipe de Bungo, que le permite predicar en esas islas. Un mes después y dejando algunos conversos, Francisco Xavier se vuelve a la India alertado por las noticias que le llegan. El viaje de vuelta se realiza en la nao Santa Cruz que capitaneaba Diego de Pereira, quien le sugiere organizar una embajada a China en nombre del rey de Portugal para entablar negociaciones de paz. Cuando llega a Malaca se entera de que la India ha sido nombrada provincia jesuíta independiente de Portugal y que él es nombrado provincial.